לאחר 18 שנה ובתום מאבק ממושך, בדצמבר 1966 בוטל הממשל הצבאי שהוחל על אזרחי ישראל הפלסטינים מהקמת המדינה. ואולם גם לאחר ביטול הממשל תקנות ההגנה לשעת חירום הוסיפו להיות בתוקף, משטר רישיונות התנועה והשטחים הסגורים לא פקע, והגבלות תנועה מסוימות נותרו על כנן. מכתב של היועץ לענייני ערבים לראש הממשלה מאפריל 1967 מאשר ש"מעשית לא היו כמעט הקלות" לאחר ביטול הממשל הצבאי, ומציע לאפשר כעת לאזרחים הערבים תנועה חופשית לאזורים מסוימים, מתוך ציפייה ל"תועלת רבה למערכת יחסינו עם המיעוט הערבי".
ב-1 בדצמבר 1966 בוטל מנגנון הממשל הצבאי, לאחר 18 שנה שבהן היו כ-85% מאזרחי ישראל הפלסטינים כפופים למרותו. בפומבי נטען כי ביטול הממשל היה חלק ממדיניות החותרת להשוות את מעמדו של האזרח הערבי עם זה של האזרח היהודי. עם זאת, עיון בתיעוד היסטורי מגוון מלמד שהסיבה העיקרית לביטול הממשל הצבאי היתה העובדה שהמטרות החבויות מאחורי הפעלתו במשך זמן כה ארוך – הושגו. לאחר ביטול המנגנון של הממשל הצבאי הועברו הסמכויות שהיו מצויות בידיו לידי מנגנון אזרחי בהובלת המשטרה ושב"כ.
ביטול הממשל אמנם היה מהלך בעל משמעות, והדבר הביא לשינוי בזהותם של הגורמים שהופקדו על מימוש מדיניות הפיקוח והשליטה על אזרחי המדינה הפלסטינים; עם זאת, גם לאחר ביטול הממשל הצבאי נותרו תקנות ההגנה המסגרת המשפטית שמכוחן הופעלו מנגנוני הפיקוח. בדיונים שקדמו לביטול המנגנון השמיעו נציגי הציבור הפלסטיני בכנסת סייגים. חבר הכנסת מטעם המפלגה הקומוניסטית, תופיק טובי, גרס שהמעבר מפיקוח צבאי לאזרחי הוא בעיקרו קוסמטי ודרש את ביטול תקנות ההגנה לשעת חירום בכללותן. לדידו, ביטול המנגנון לא יביא "לכלל שינוי מהותי" והדיכוי של האזרחים הפלסטינים יימשך באמצעים אחרים.
במובנים רבים טובי צדק. גם לאחר ביטול המנגנון משטר הרישיונות והשטחים הסגורים לא פקע, והגבלות תנועה מסוימות נותרו על כנן. במכתב ששלח היועץ לענייני ערבים , שמואל טולידאנו, לראש הממשלה לוי אשכול ב-4 באפריל 1967 הוא כתב: "הציבור היהודי והערבי הניח, בטעות, שעם ביטול מנגנון הממשל הצבאי מתבטלים גם האזורים הסגורים וכל אזרח יהא חופשי לנוע ללא רישיון לכל מקום. כידוע היתה ציפייה רבה לביטולו של מנגנון הממשל הצבאי, אך מאחר שמעשית לא היו כמעט הקלות, נגרמה אכזבה הן בציבור היהודי והן בציבור הערבי" [ההדגשות שלנו]. רק בסוף 1967, לאחר מלחמת ששת הימים, בוטלו הגבלות התנועה במלואן.
