בתקופת הממשל הצבאי התקבע הנוהג כי הממשל הוא הגוף היחידי המייצג את המדינה מול האזרחים הפלסטינים. שר החוץ משה שרת אף ביקש משרי הממשלה כי בכל מקרה של פנייה מצד אזרחים פלסטינים "לא לענות לפונה ישירות, אלא להעביר את התשובה הסופית באמצעות המושל הצבאי". מכתב של מנהל מחלקת החקיקה במשרד המשפטים מבהיר כי בדרישה זו יש משום אפליה וכי היא "עומדת בסתירה להצהרות הממשלה על שווי זכויות כל התושבים".
אל שרי הממשלה
הממשל הצבאי הוא שייצג את המדינה מול הציבור הערבי; עובדה זו היתה ביטוי ישיר לדרישת השלטון כי הממשל הצבאי יהיה הכתובת לפניותיהם של תושבים פלסטינים והגוף המתווך בינם לבין המדינה. דבר זה לא רק שירת את התעצמותו של הממשל הצבאי והפיכתו לשלטון כל-יכול בשטחים שבסמכותו, אלא גם אפשר ביתר שאת את הפיקוח והשליטה על האזרחים הפלסטינים. בה בעת, הפיכת הממשל לגורם המתווך מול המדינה החליש מאוד את יכולתם של האזרחים הפלסטינים לפנות אל גורמים רשמיים ולהפנות אליהם תלונות בכדי להתמודד עם מצוקותיהם. המכתב המובא כאן מציג את הרציונל לריכוז הכוח בידי הממשל, מנקודת המבט של אחד השרים הבכירים בממשלת ישראל. לא אחת הממשל הצבאי נקלע למחלוקות עם גופים ומשרדי ממשלה בכל הנוגע לטיפול בציבור הערבי. בשנות החמישים, לדוגמה, התעוררה מחלוקת גדולה בין משרד הפנים לממשל הצבאי בנוגע להקמה של מועצות מקומיות ערביות. בעוד שמשרד הפנים תמך בכך, עמדתו הנחרצת של הממשל הצבאי היתה נגד. את הסיבה להתנגדות יש לראות בחשש שקיומן של מועצות ערביות יחליש את מוטת השליטה של הממשל על האזרחים. על רקע זה, הממשל חתר למנוע הקמה של גופים פוליטיים בחברה הערבית.
"איני יכול להמנע מלהביע את תמהוני על מכתבו של שר החוץ אל שרי הממשלה", כתב מנהל מחלקת החקיקה במשרד המשפטים במכתב ישיר אל השר העומד בראש המשרד באותה עת, פנחס רוזן. מעבר לעצם העיסוק של שר החוץ בנושא שאינו שייך לתחום משרדו, הבהיר איש משרד המשפטים כי "חמור בהרבה הוא תוכנו של המכתב, שיש בו משום הנהגת אפליה בולטת בין תושבי המדינה מטעמים שבגזע".
