כבר משנותיה הראשונות של ישראל ייחסו שירותי הביטחון חשיבות מופלגת לדגלים ולהנפתם – או לאי־הנפתם. גופי הביטחון עקבו באדיקות אחר היחס של התושבים הפלסטינים וההנהגה לדגל הישראלי והפלסטיני, בתחילה בתוך ישראל ולאחר 1967 גם בשטחים הכבושים. שם כבר דאגה ישראל לקבוע בחוק כי "אין להציג או לקבוע דגלים או סמלים מדיניים, אלא על פי היתר המפקד הצבאי"
הנפת דגל פלסטין בבית הספר יפו בעזה
דיווח של רכז שב"כ ברצועת עזה מתאר את השתלשלות האירועים בבית הספר יפו בעזה ב-3 בנובמבר 1968: תליית דגל פלסטין מאולתר על ידי תלמיד בשם פאיז, והפגנה בהשתתפות כ-60 תלמידים. הדיווח הועבר למשטרה, שהתבקשה לפתוח בחקירת המקרה.
הנפת דגל פלסטין בבית הספר עזה ביפו
כשלושה שבועות לאחר תקרית הדגל, דיווחה תחנת עזה של משטרת ישראל על תוצאות החקירה: לאחר קבלת הדיווח על תליית דגל פלסטין והפגנה שהתארגנה בבית הספר נעצר פאיז, ביחד עם תלמיד בשם אברהים שיצא עם המפגינים וצעק "כולנו פדאיון, בוז לאימפריאליזם". נגד השניים נפתח תיק פלילי והוא הועבר לפרקליטות הצבאית לקבלת החלטה. אב הבית, שנעצר גם הוא, שוחרר לאחר שהתברר כי הוא הוריד את הדגל מהקיר.
הסרת דגלי המדינה וקריעתם בכפר טירה
ביום העצמאות של 1962 פתחה משטרת ישראל בחקירה, בעקבות אירוע בכפר טירה שבו הוסרו 17 דגלי ישראל שנתלו על בניינים ציבוריים. בסיוע שב"כ אותרו חשודים במעשה, ותוך שלושה ימים נעצרו 15 איש למשך 15 יום. בעקבות החקירה נעצר ילד נוסף בן 11 והמקרה פוענח על ידי המשטרה.
ניתוק קו טלפון בכפר סילת אל חרטיה
דיווח של פיקוד מרכז על ארבעה פיגועים בכפר סילת שנעשו בכפר סילת אל-חארית'יה שמצפון לג'נין, שעיקרם היה ניתוק חוזר ונשנה של קו טלפון ותליית "דגל פלסטין שצויר על דף מחברת".
