בחשאי, וללא הודעה לציבור, העלה ארכיון המדינה בעמוד פנימי של אתר האינטרנט שלו נהלים לעיון בחומרים מארכיוני שב"כ, המוסד, הוועדה לאנרגיה אטומית והמכון הביולוגי. בעוד שמבחינה רשמית ארכיונים אלה הם שלוחות של ארכיון המדינה, הם פועלים באופן עצמאי ועד כה לא מאפשרים לציבור הרחב גישה לחומריהם.
ככלל, הנהלים שפורסמו בימים האחרונים נשענים על הוראותיהן של תקנות העיון שנלוות לחוק הארכיונים. הם מתווים את הדרך לפניות הציבור בבקשה לחשוף תיעוד, מציגים קריטריונים לבחינת הבקשות לפתיחת חומר ארכיוני, ומורים על בחינת חשיפתו, "ככל הניתן", של חומר ארכיוני ביוזמת הארגונים (כלומר שלא על פי פניות מהציבור). נוהלי הארגונים אינם כוללים הנחיות בדבר פתיחתו לעיון של קטלוג החומר שמצוי בארכיוניהם – הכלי הבסיסי למחקר עצמאי בחומרי ארכיון.
על פי נוהלי שב"כ והמוסד שתמציותיהם פורסמו, יש להגיש בקשות לעיון בחומרים מארכיוניהם באמצעות טופס "צרו קשר" שמצוי בעמוד הראשי של אתר ארכיון המדינה. לקבלת גישה לחומר מארכיון הוועדה לאנרגיה אטומית יש לפנות אל גנז המדינה באמצעות הטופס המצורף לנוהל הוועדה לאנרגיה אטומית; ולגישה לחומר מארכיון המכון הביולוגי יש לפנות אל הנהלת המכון באמצעות הטופס המצורף לנוהל המכון.
בדצמבר 2018 ביקש מכון עקבות ממשרד ראש הממשלה נתונים בדבר היקף החומרים הארכיוניים המצויים בארכיוני שב"כ והמוסד, היקף החומרים שחלפו חמישים שנה מעת יצירתם, ומתוכם היקף החומרים שנפתחו עד כה לעיון הציבור. משרד ראש הממשלה טרם השיב לשאלות שהוגשו על בסיס חוק חופש המידע.
ההיסטוריון שי חזקני עתר לבג"ץ בינואר האחרון, באמצעות האגודה לזכויות האזרח, בדרישה לחשוף חומר מארכיון שב"כ בדבר פעילות הארגון לדיכוי המחאה החברתית של עולי צפון אפריקה בשנות החמישים. העתירה הוגשה לאחר ששב"כ סירב לחשוף חומר ארכיוני בנושא "מטעמים של הגנה על ביטחון המדינה" וכן סירב לפרסם את נוהל עיון הציבור בחומרי הארכיון שלו, נוהל שתמציתו פורסמה כעת.
לאחרונה חתם ראש הממשלה על תקנה שמאריכה את תקופת ההגבלה על החומרים השמורים בארכיוני שב"כ, המוסד, הוועדה לאנרגיה אטומית, המכון הביולוגי ויחידות לא מזוהות של צה"ל ומשרד הביטחון, משבעים שנה לתשעים. הארכה זו באה לאחר הארכה קודמת, בשנת 2010, של תקופת ההגבלה על ארכיונים אלה: מחמישים שנה לשבעים. כאמצעי ל"פיצוי" הציבור על ההארכה הקודמת, עוד בשנת 2010 נקבע בתקנות כי על הארגונים הללו לחבר נוהל בדבר פתיחה לעיון של חומרים שנוצרו לפני חמישים שנה ומעלה. כאמור, הנהלים האמורים פורסמו רק עתה וללא הודעה מסודרת לציבור.