הדעות באשר לסיבות שהובילו לפרוץ מלחמת ששת הימים, ב-5 ביוני 1967, חלוקות בשאלה אם היתה זו הידרדרות מתמשכת במדרון חלקלק שאף אחד מהצדדים הלוחמים לא רצה בה, או שמא היו בין אנשי ההנהגות השונות מי שהיו מעוניינים במלחמה אזורית. עם זאת, תיעוד היסטורי זמין מלמד כי בשנים שקדמו למלחמה עסקה ישראל בהכנות מדוקדקות לארגון השליטה בשטחים שייכבשו – כך העריכה – בעקבותיה. תיעוד זה מעלה כי כיבוש השטחים במלחמה לא היה תוצאת לוואי בלתי מכוונת של הלחימה, אלא חלק מתפיסה אסטרטגית ופוליטית ישראלית.
לקראת המלחמה ולאחריה, תשומת הלב בישראל התמקדה בהמתנה שנמשכה קרוב לחודש ובהיערכות הצבאית לאורך הגבולות. השיח הציבורי והמחקרי לא עסק כמעט בהכנות הקפדניות לארגון השליטה בשטחים שייכבשו, שהחלו למעשה – כפי שמעידים מסמכים ארכיוניים – כבר בראשית שנות ה-60. הכנות אלה היו, בין היתר, תוצר של הניסיון הלא מוצלח של הכיבוש קצר הימים בעקבות מלחמת סיני (1956). הלחץ הבינלאומי הכבד שהופעל על ישראל בעקבות כיבושיה בחצי האי סיני וברצועת עזה הכריע אותה בתוך שלושה ימים בלבד, והביא את ראש הממשלה דוד בן גוריון להודיע על כוונת ישראל לסגת מהשטחים שכבשה – גם אם בהמשך נעשו ניסיונות להמשיך ולהחזיק לפחות בחלק מהשטחים האלה. הנסיגה עצמה לקחה חודשים ארוכים והתאפיינה בחוסר ארגון מופתי.
על הרקע הזה אפשר להבין את פקודת הארגון שהוכנה בצבא כבר באוגוסט 1963 (ממשל צבאי בעת חרום – 10/63), ופירטה את עיקרי פעולת הממשל הצבאי בשטחים שייכבשו כארבע שנים מאוחר יותר. הרקע לפקודה מפרט את הרציונל מאחוריה, וקובע כי "שאיפת צה"ל להעביר את המלחמה לשטחי האויב, תביא בהכרח להתפשטות וכיבוש מרחבים מחוץ לגבולות המדינה" [ההדגשות כאן ובציטוטים הבאים הם שלנו]. הצורך בארגון קפדני של הממשל נובע מההערכה כי "כיבושים אלה עשויים להמשך זמן קצר בלבד ויהיה עלינו לפנות את השטחים לאחר לחץ או הסדר בין-לאומי. אולם, עלול להיווצר מצב פוליטי נוח שיאפשר החזקת שטח כיבוש לאורך זמן". נוסף להערכה כי ייתכן שפניה של ישראל לכיבוש ארוך טווח, מסמך הפקודה מעלה גם כי הטווח הגיאוגרפי של הכיבוש עשוי להיות נרחב ביותר: "כיווני ההתפשטות הצפויים" בעקבות המלחמה הבאה כוללים את הגדה המערבית, מרחב סיני עד תעלת סואץ, הרמה הסורית כולל והעיר דמשק, וכן את דרום לבנון עד נהר הליטני.
נוסף על הגדרת אופן הארגון העתידי של השליטה הצבאית בשטחים, דנו במטה הכללי גם בצורך להכשיר ולאמן את היחידות ואת גופי האדמיניסטרציה שעתידים לשלוט בשטח על הפלסטינים, בסוגיות משפטיות הנלוות לכיבוש השטחים, ובאיסוף מודיעין על האוכלוסייה והתשתיות בגדה המערבית. ההכנות התמקדו בארגון הממשל הצבאי, שהיה המסגרת הארגונית והצבאית שהופעלה על אזרחי ישראל הערבים מ-1948, לביסוס השליטה בשטחים שייכבשו. ב-1963 היו למנגנוני הממשל הצבאי כבר 15 שנות ניסיון בהשלטת סדר, ניהול חיים אזרחיים והשלטה של משטר היתרים קפדני על הפלסטינים אזרחי ישראל, כך שבאופן טבעי היה זה הגוף ששימש מודל לארגון השליטה בשטחים שייכבשו במלחמה הבאה. עם זאת, סמוך לאחר תום המלחמה החליט שר הביטחון משה דיין להימנע ממינויים של קציני הממשל הצבאי הוותיקים בממשל שהוקם בשטחים הכבושים.
בעקבות המלחמה שנפתחה בסופו של דבר ביוני 1967 כבשה ישראל את הגדה המערבית, רצועת עזה, חצי האי סיני ורמת הגולן והנהיגה בהם ממשל צבאי – למעט מזרח ירושלים, שסופחה לישראל מיד בתום המלחמה. הממשל הצבאי פעל במתכונתו המקורית עד 1981, אז הוקם המינהל האזרחי בגדה המערבית וברצועת עזה, ונחקק "חוק רמת הגולן" שסיפח את השטח לישראל. בחצי האי סיני הסתיים הממשל הצבאי סופית ב-1982, בעקבות הסכם השלום עם מצרים.
