פרשת גירושם של אלפי בדואים מאזור פתחת רפיח עמדה במרכזה של אחת העתירות המרכזיות שהוגשו לבג"ץ בשנותיו הראשונות של הכיבוש. דו"ח ועדת החקירה הצבאית, שנחשף רק לאחר התדיינות ממושכת בבג"ץ ושמתפרסם כאן במלואו, מראה שהגירוש נעשה לצרכי ההתנחלות הישראלית בשטחים ולא מטעמי הביטחון להם טענה המדינה בפני שופטי בג"ץ.
בינואר 1972 גירשו כוחות צה"ל אלפי בדואים מבתיהם ומאדמותיהם בצפון מזרח סיני, אזור שנודע בעברית בשם "פתחת רפיח". לרמטכ"ל דאז, רב אלוף דוד אלעזר, נודע הדבר רק לאחר מעשה והוא מינה ועדה לחקור את העניין. דו"ח ועדת החקירה הצבאית הוגש לו ב-9 במרץ 1972. הדו"ח לא פורסם מעולם.
תשעת השייח'ים של השבטים שגורשו עתרו לבג"ץ וביקשו צו שיורה לשר הביטחון, משה דיין, ולאלוף פיקוד הדרום, אריאל שרון, לאפשר להם ולבני משפחותיהם לחזור למקומות מגוריהם בפתחת רפיח. בתשובתה טענה המדינה שהגירוש מילא צורך ביטחוני: יצירת איזור חייץ בין רצועת עזה לסיני על מנת לשים קץ לפעילות עוינת ברצועה ובצפון סיני. בית המשפט קיבל את טענת המדינה ודחה את העתירה.
בהמשך הוקמו יישובים ישראליים – ביניהם העיר ימית – על אדמות שמהן גורשו הבדואים.
כעבור שנים ביקש ההיסטוריון גרשום גורנברג לעיין במסמכים בארכיון צה"ל ומערכת הביטחון, כחלק ממחקרו על ראשית מפעל ההתנחלויות. כשנתקל בסירוב מצד הנהלת הארכיון, הוא עתר לבג"ץ באמצעות עו"ד אבנר פינצ'וק מהאגודה לזכויות האזרח בישראל. בעקבות העתירה ולאחר התדיינות ממושכת הסכים ארכיון צה"ל לחשוף בפני גורנברג מספר תיקים, בהם דו"ח ועדת החקירה בעניין פינוי הבדואים מפתחת רפיח. התברר שבדו"ח אין זכר ל"שיקולי הביטחון" להם טענו נציגי המדינה בפני בג"ץ: הגירוש בוצע אך ורק לצרכי התיישבות ישראלית בסיני.
פרטי הפרשה מתוארים במאמרם של גורנברג ופרופ' דוד קרצמר, "פוליטיקה, משפט וההליך השיפוטי: המקרה של בג"ץ והשטחים", כמו גם במאמרו של גרונברג במגזין The American Prospect.
לתיאור רחב של גירוש הבדואים מפתחת רפיח, ראו פרק 8 בספרו של גורנברג The Accidental Empire, Israel and the Birth of the Settlements 1967-1977
