בתקופת הממשל הצבאי התקבע הנוהג כי הממשל הוא הגוף היחידי המייצג את המדינה מול האזרחים הפלסטינים. שר החוץ משה שרת אף ביקש משרי הממשלה כי בכל מקרה של פנייה מצד אזרחים פלסטינים "לא לענות לפונה ישירות, אלא להעביר את התשובה הסופית באמצעות המושל הצבאי". מכתב של מנהל מחלקת החקיקה במשרד המשפטים מבהיר כי בדרישה זו יש משום אפליה וכי היא "עומדת בסתירה להצהרות הממשלה על שווי זכויות כל התושבים".
בפברואר 1950, ראשית ימי הממשל הצבאי, פנה שר החוץ משה שרת במכתב אל כל שרי הממשלה. במכתב ביקש שרת מהשרים להורות לאנשי משרדיהם שכל מענה לפנייה של אזרח ערבי – בעניין קטן כגדול – יתבצע רק לאחר בירור ותיאום עם נציגי הממשל הצבאי. שרת הוסיף כי רצוי שמשרדי הממשלה לא יחזירו תשובות לפונים ערבים בצורה ישירה, אלא אך ורק באמצעות הנציגים הצבאיים בשטח. את מכתבו של שרת פירסמנו – ביחד עם שורה של מסמכים נוספים מתקופת הממשל הצבאי – בספר הממשל הצבאי – אסופת מסמכים שראה אור בהוצאת מכון עקבות (עמוד 109).
"לכל הפונים רצון אחד – לעקוף את הממשל", קבע שרת במכתבו לשרים, ואף הוסיף הסבר: "כיוון שאין הממשל הזה רצוי או נוח להם". באותם ימים היה זה הממשל הצבאי שייצג את המדינה מול הציבור הערבי בישראל, ועל פי דרישת השלטון היה הממשל הכתובת הבלעדית לפניותיהם של תושבים פלסטינים. עובדה זו שירתה לא רק את התעצמותו של הממשל הצבאי והפיכתו לשלטון כל–יכול בשטחים שבסמכותו, אלא גם איפשרה את הפיקוח והשליטה על האזרחים הפלסטינים.
המכתב המובא כאן של חיים יוסף צדוק (וילקנפלד), אז מנהל מחלקת חקיקה במשרד המשפטים ולימים שר המשפטים בממשלת רבין הראשונה, נכתב בעקבות אותו מכתב ששיגר שרת לחברי הממשלה. מכתבו של וילקנפלד, מ-13 במרץ 1950, ממוען לשר המשפטים פנחס רוזן וקובע שהוראותיו של שרת יש בהן "משום הנהגת הפליה בולטת בין תושבי המדינה מטעמים שבגזע, הפליה העומדת בסתירה להצהרות הממשלה על שווי זכויות כל התושבים". וילקנפלד כתב שהנמקותיו של שרת חמורות ואינן מוצדקות והן משמשות "יסוד לשיטת הפלייה מטעמי גזע".
בשלב זה לא אותר המשך התכתבות בנושא, ואולם לאורך כל שנות קיומו של הממשל הצבאי הוא הוסיף להיות הכלי המרכזי שבאמצעותו פעלה המדינה מול האזרחים הפלסטינים בישראל.
