ב-1 בדצמבר 1966 בוטל רשמית הממשל הצבאי שהחילה ישראל על אזרחי ישראל הפלסטינים. לקראת ההודעה בכנסת על ביטול הממשל – שנמשך קרוב לעשרים שנה – שלח משרד החוץ מסמך מפורט לנציגויות הישראליות ובו הנחיות בנוגע לקו ההסברה שעליהן לנקוט.
בינואר 1966 הודיע ראש ממשלת ישראל, לוי אשכול, על כוונתו לבטל את הממשל הצבאי שהונהג עוד בימי המלחמה ב-1948. במהלך אותה שנה התקיימה סדרת דיונים בקרב הצמרת הפוליטית והביטחונית הישראלית, שתכליתם הייתה לעצב את הסדר הפוליטי, האזרחי והביטחוני החדש שיונהג עם ביטול הממשל. מן התיעוד עולה שהמשמעות העיקרית של המהלך היתה ביטול המנגנון של הממשל הצבאי, ולא שינוי בעקרונות המכוננים שעמדו בבסיסו והסתמכו על תקנות ההגנה לשעת חירום. כך, לדוגמה, הסמכות הועתקה מן המושלים הצבאיים לאלופי צה"ל בגזרות הרלוונטיות והסמכות להוציא לפועל את התקנות הועברה למשטרת ישראל. למעשה, ביטול מנגנון הממשל דווקא הגביר את כוחם של מנגנוני הפיקוח, השיטור והאכיפה על האזרחים הפלסטינים.
אחת הסוגיות המהותיות שנידונו היתה שאלת פתיחתם (או המשך סגירתם) של שטחים סגורים שבהם היו ריכוזים של כפרים פלסטינים שרוקנו במהלך המלחמה. סגירת השטחים על ידי הממשל הצבאי במשך 17 שנה נועדה לשלוט בקצב ההתיישבות היהודית באותם המקומות, על ידי מניעת חזרתם של פלסטינים אזרחי ישראל לכפריהם.
בנובמבר 1966 הודיע אשכול על במת הכנסת על ביטול מנגנון הממשל בעוד ימים ספורים. "ביטול המנגנון של הממשל הצבאי הוא המשכו של תהליך שנועד לפטור את האזרחים הערבים מהגבלות", קבע. אולם לא רק יועץ ראש הממשלה לענייני ערבים, שמואל טולידאנו טען שהביטול הוא בעיקרו "עניין פסיכולוגי", כך גם עולה ממסמך של משרד החוץ שהופץ לנציגויות ישראל בעולם, שכותרתו "לקראת ביטול הממשל הצבאי". במסמך הורה המשרד "להציג את ביטול הממשל כחלק מתהליך מתמיד וטבעי לנורמליזציה של מצב ערביי ישראל וביטולן ההדרגתי של ההגבלות שחלו עליהם בגלל המצב הביטחוני ולהדגיש שעיקר השינוי הוא חיצוני-פסיכולוגי הנותן הרגשת שוויון מלא עם עמיתו היהודי לאזרח הערבי".
ואכן, גם לאחר ביטול מנגנון הממשל לא פקע משטר אישורי התנועה, וגם השטחים הסגורים וחלק מהגבלות התנועה נותרו על כנם. במכתב ששיגר טולידאנו לראש הממשלה באפריל 1967, חודשים אחדים לאחר הביטול בפועל של הממשל, כתב: "הציבור היהודי והערבי הניח בטעות שעם ביטול מנגנון הממשל הצבאי […] כל אזרח יהא חופשי לנוע ללא רישיון לכל מקום […] אך מאחר ומעשית לא היו כמעט הקלות, נגרמה אכזבה וביקורת לא מעטות". רק בסוף 1967 בוטלו הגבלות התנועה כולן, אולם יתר ההגבלות נותרו בתוקף. תקנות ההגנה לשעת חירום המשיכו לשמש כלי לעיצוב היחסים בין המדינה לאזרחים הפלסטינים.
