גופי הביטחון בישראל תמיד התעניינו בנעשה בחינוך הממלכתי הערבי. דו"ח מסווג של שב"כ שאותר בתיק בארכיון המדינה מעיד עד כמה עמוק ושיטתי היה הפיקוח על התבטאויותיהם הפרטיות של מורים ערבים – וגם של תלמידים.
כבר מראשית ימי המדינה היה החינוך הממלכתי הערבי תחת פיקוח הדוק של מערכת הביטחון הישראלית. לפיקוח הזה היו שותפים אנשי הממשל הצבאי (שפעל בין 1948 ל-1966), המשטרה ושב"כ, שחוות דעת שסיפקו על מורה זה או אחר קבעו לא פעם מי יקבל משרה ומי יישאר מחוץ למערכת החינוך. ב-1950 אף נקבעו נהלים שאיפשרו באופן רשמי לשב"כ ולמשטרה לערוך למורים "בדיקת מהימנות" בטרם קבלתם למשרות הוראה במשרד החינוך. ממיון המועמדים למשרות הוראה סבלו במיוחד אלו שגילו "נטיות" קומוניסטיות ו/או לאומיות.
פרקטיקה זו נמשכה בצורות שונות לאורך שנים ארוכות – כפי שחשפו מספר תחקירים עיתונאיים שעסקו במעורבות שב"כ במינוי עובדי הוראה ערבים במערכת החינוך. ב-2001 חשף תחקיר של עיתון "הארץ" כי סגן הממונה על החינוך הערבי במשרד החינוך הוא למעשה איש שב"כ, המכהן בתפקיד כעשר שנים. עוד פורסם כי לצד תפקידו כסגן הממונה, נציג השב"כ משמש גם יו"ר הוועדה למינויים במערכת החינוך הערבית, כך שכל מינוי של מורה, מנהל בית ספר או מפקח דורש את אישורו, המתבסס על חוות דעת ביטחונית שמעביר שירות הביטחון. בעקבות זאת הגיש בספטמבר 2004 מרכז עדאלה, ביחד עם ההתאחדות הארצית של ועדי ההורים הערביים בישראל, עתירה לבג"ץ, בדרישה להפסיק את מעורבות השב"כ במינוי מורים, מנהלי בתי ספר ומפקחים במערכת החינוך הערבית. בעקבות העתירה הודיעה המדינה כי תבטל את משרת איש השב"כ המכהן כסגן מנהל האגף לחינוך הערבי במשרד החינוך, והעתירה נמחקה.
עם זאת, נראה כי מעורבות שב"כ במתרחש במוסדות החינוך הערביים נמשכת גם כעת: בפברואר 2020 חשפה עתירה של התנועה לחופש המידע כי מנכ"ל משרד החינוך דאז שמואל אבואב נפגש עם נציגי שב"כ בלשכתו, ודן עימם בנושא "החברה הערבית". בין החודשים מרץ ליוני 2022 קיימה ועדת החינוך של הכנסת חמישה דיונים בנושא "התמודדות מערכת החינוך עם מורים תומכי טרור". בישיבה שהתקיימה באפריל הצהירה יו"ר הוועדה כי "אני רוצה לברך את משרד החינוך על כך שבעקבות הדיונים פנה לשב"כ בבקשה לייצר נוהל מסודר שיתריע על מורים שיש מעליהם דגל אדום משום שהם קוראים, תומכים, לוקחים חלק בפעילות עוינת". ראוי לציין כי המשתתפים בישיבה, לצד אנשי משרד החינוך, הייעוץ המשפטי לממשלה ומשטרת ישראל, כללו את היו"ר ואת הדובר של ארגון "אם תרצו". שלוש הישיבות הבאות של הוועדה שעסקו בנושא היו חסויות, והפרוטוקולים שלהם לא פורסמו. בעקבות הדברים פנה מרכז עדאלה למשרד החינוך, בדרישה לקבל לידיו פרוטוקול של פגישה שהתקיימה בין מנכ"לית משרד החינוך לראש שב"כ כדי לדון בגיבוש הנוהל.
